消毒是指杀灭物体上和环境中的病原微生物，但不一定能杀死芽孢及非病原微生物的方法。灭菌是指杀灭物体上所有微生物，包括病原微生物以及非病原微生物和芽孢的方法。
灭菌与消毒相比要求更高，灭菌必须选用能杀灭抵抗力最强的微生物的物理方法，或者是化学灭菌剂，而消毒只需要选用具有一定杀菌效力的物理方法、化学消毒剂或者是生物消毒剂。消毒通常用于处理日常生活和工作场所的物品，也可用于医院中一般场所与物品的处理，而灭菌主要是用于处理医院中进入人体无菌组织器官的诊疗用品。