治疗骨髓炎的药物一般在确定致病菌之前都是临床上经验用药，两联或者三联年头孢类的抗生素共同应用，通过局部分层穿刺，取得病理组织后做细菌培养，根据药敏结果选择有效的抗生素，这是临床上比较常见的也是可行的一条道路。
抗生素应用一定要足量、全程，以免骨髓炎迁延反复形成慢性的骨髓炎，一旦患者已经形成慢性骨髓炎，就只能是经验用药，通过抗生素治疗之后取病理组织，选择敏感抗生素治疗使病灶局限，如果有死骨可能就需要手术来把死骨祛除，同时消灭死腔，最终达到愈合。