肺脓肿的治疗首先要明确其病因，肺脓肿分为吸入性肺脓肿，血源性肺脓肿，全性的肺脓肿，继发性肺脓肿。肺脓肿治疗的周期一般需要在1-3个月。
吸入性的肺脓肿是厌氧菌的感染，比如胃食管反流或者是夜间饮酒后的误吸，可引起肺出现巨大的空洞。治疗疗程正常的话通常在1-3个月，要测脓肿的大小，药物的敏感程度，还要积极的脓肿痰液的引流。免疫功能正常的，疗程需要3个月。此外，继发性肺脓肿，还有血源性肺脓肿或者真菌性肺炎，治疗疗程比较长，真菌肺炎疗程会更长，其疗程也是在1-3个月左右。血源性肺脓肿多是金葡菌引起的菌血症，多发性的小脓肿，也是要经过抗金葡菌治疗，病人有菌血症或者败血症，不仅需要肺部治疗，还需要全身治疗，疗程也是在一个月以上。有患者可能会合并糖尿病或者营养不良，其治疗会更加缓慢，甚至有患者会合并形成为慢性的肺脓肿，疗程要3个月以上，甚至有的半年以上仍然不能够吸收，可能需要手术切除。
肺脓肿患者在日常生活中，患者尤其是要提高自己身体的免疫力，比如可以选择一些有氧运动等。在日常生活中的饮食也要避免一些寒凉类型的食物，一些辛辣和油腻类型的食物也要少吃。