头皮毛囊炎需要考虑是细菌性，还是真菌性毛囊炎，另外看毛囊炎的程度，一般来说头皮毛囊炎如果是脂溢性皮炎所引起，很多都和糠秕孢子菌的感染有关系，和一种真菌的感染有关，所以治疗一般是采用酮康唑洗剂，比如采乐或者康王等酮康唑洗剂洗头，减少头皮出油，抑制糠秕孢子菌。再加上饮食的控制，油的、甜的、辣的东西尽量少吃，少熬夜，之后可以配合局部外用治疗脂溢性皮炎的药水，比如像水杨酸苯酚等治疗真菌感染。
如果要是细菌感染，就是俗话说的疖子，如果只是散在的偶尔起，可以考虑外用消炎的药膏，比如百多邦、夫西地酸等都可以。如果要是起的比较多，经常起，反复的起，有时候起的还比较大，碰着疼，起脓头就得考虑吃口服药，包括克拉霉素、米诺环素、多西环素之类的抗生素，可以配合丹参酮和复方甘草酸苷，再加上外用的消炎药膏来联合治疗。所以，具体的用药还要到医院看一下具体感染的情况以及程度，选择药物。