生殖器疱疹的治疗主要采用抗病毒治疗，治疗目的主要是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程以及防止继发感染等。目前的治疗方法不能达到彻底消除病毒，消除复发的效果。一般疗法是保持局部的清洁干燥，可以每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止疼药。并发细菌感染者，可以外用抗生素药膏。抗病毒治疗推荐采用的治疗方案是阿昔洛韦口服，每天5次，或者是伐昔洛韦口服，每天2次。如果是初发的生殖器疱疹，疗程是7-10天，复发性生殖器疱疹疗程为5天。频繁复发者，则需要较低的剂量，服用较长时间。