洗牙是非常常规的牙科治疗，但是在某些特殊疾病情况下，也是不允许实施的。首先如果患者安装有人工心脏起搏器，是不允许使用超声洁牙器进行洗牙的，因为有可能会影响到起搏器的功能。如果患者存在不稳定心绞痛，在半年内出现过心肌梗塞、脑出血、脑梗等这些情况，也是暂时不允许进行洁牙操作的。
如果患者存在各种出血性的疾病，比如说血小板减少、白血病、再障贫血、血友病等等，在疾病得到控制之前也是不允许进行洗牙操作的。另外，如果患者口腔内存在牙龈附近的恶性肿瘤，在肿瘤区域是不允许进行洁牙操作的，因为有可能会导致肿瘤细胞的进一步的扩散。
此外，如果患者存在急性的传染病，比如说急性肝炎、结核等等，一般也要等这些急性的疾病稳定以后，才可以进行这样操作。而且有些感染性疾病比如说HIV阳性或者是乙肝、丙肝，一般是绝对禁忌使用超声洁牙进行洗牙操作的。
还有一个特殊情况，就是孕妇一般建议在怀孕之前进行洁治操作。如果已经在孕期，一般在孕期的前3个月和后3个月，是严禁进行洁牙操作的。