超声检查可以确定卵巢子宫内膜异位囊肿的位置、大小、形状和囊内容物，与周围脏器特别是子宫的关系等等。超声图像一般显示囊肿呈椭圆形或者是圆形，可以为单发或者是多发，有明显的界限，与周围组织可能会有粘连。囊肿壁较厚，而且粗糙不平，囊内有点状细小的絮状光点，囊肿大小会随着月经周期出现一定的变化。阴道和腹部超声检查是鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿和直肠阴道内异症的重要手段。由于囊肿的回声图像没有特异性，我们不能够单纯根据超声图像来进行确诊。