除了根治性手术外，子宫内膜异位症的复发率是非常高的，其复发率和病情的轻重、治疗方法、随访时间长短等等都有关系。重症患者复发率是高于轻症患者的，也就是说病情越重，复发越多、复发越快，年复发率在5%到20%之间，五年的累计复发率为40%。使用促性腺激素释放激素激动剂治疗后，轻症患者复发率为37%，重症患者为74%。单纯药物治疗后复发率是高于手术治疗的，术后应用孕激素并不能减少复发率。根治性手术后雌激素的替代治疗并不会明显增加复发危险。