急性肠炎最常见的临床表现是黏液脓血便和腹泻，腹泻严重者每天可以达到20次以上。肠炎反应严重时，可以出现里急后重感及大便失禁感。急性肠炎发作时，可以出现腹部痉挛性疼痛，还可以伴有发热、恶心、呕吐、厌食、脱水、贫血、低蛋白血症等严重的全身中毒性消耗症状。
急性肠炎严重时，可以引起一系列胃肠道并发症，比如中毒性巨结肠。临床表现为腹泻症状加重，腹胀、腹部压痛及反跳痛，肠鸣音减弱或者消失。在中毒性巨结肠的基础上，可以发生肠道穿孔，还可以发生结肠大出血，引起失血性休克，危及病人的生命。