醋酸氯己定溶液具有杀菌、消毒、冲洗阴道感染的作用，醋酸氯己定是常见的杀菌剂，但是醋酸氯己定是一种含氯的消毒剂，相对普通杀菌剂具有杀灭病毒的作用，这是不含氯消毒剂没有的作用。
醋酸氯己定溶液可以用来对手术之后的环境消毒，因为醋酸氯己定可以消灭常见的细菌，也能够起到杀灭、抑制病毒的作用。另外，醋酸氯己定对手上细菌也具有一定程度的抑制作用。除了杀菌和消毒之外，醋酸氯己定也可以用来清洁手术室的拖把，能够消灭拖把上的病毒以及细菌，同时醋酸氯己定溶液可以适用于阴道感染，以及子宫糜烂的冲洗，不过醋酸氯己定会刺激黏膜，偶尔会有过敏反应，这一点需要注意。