两个月婴儿得细菌性肠炎，主要考虑以下原因：
1、存在致病菌：细菌性肠炎常见的致病菌有大肠杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌等，以上致病菌多随着污染的食物或者饮水进入消化道，也可以通过污染的日用品、手、玩具或者带菌者传播。发病机理是致病菌直接侵袭小肠或者结肠壁，使肠道黏膜充血、水肿，炎症细胞浸润，引起肠道渗出和溃疡等病变。婴儿排出含有大量白细胞、红细胞的菌痢样粪便，有些病菌仅仅在肠腔内繁殖，不侵入肠壁，但能产生大量的肠毒素，导致排出大量的水样便，使婴儿脱水和电解质紊乱。
2、自身原因：由于婴儿的消化系统发育不成熟，胃酸、消化酶分泌较少，酶的活性也偏低，不能适应食物质和量的变化，婴儿生长发育快，所需的营养物质相对较多，且食物以液体为主，进入量较多，胃肠道负担重，胃肠道的防御功能还差，这就为肠炎的发生创造了条件。