真菌感染的症状会根据感染部位不同而有所不同，浅部真菌感染，主要累及患者的皮肤、指甲及毛发，临床上多表现为手足癣、体癣、股癣以及头癣。手足癣主要累及患者的手指、手指尖、手掌、足趾，以及足趾间、侧缘，皮肤损害以水疱、糜烂、鳞屑、丘疹为主。股癣常出现在腹股沟、会阴、肛周和臀部等处，可以出现环形湿疹样、疱疹样，还有肉芽肿型、结节型、丘疹型表现的皮损，有瘙痒。
体癣好发于面部、颈部、腰腹部、臀部以及四肢等处，表现与股癣类似。甲癣俗称灰指甲，主要表现为指甲的粗糙、增厚，甲下出现糠化以及鳞屑，部分指甲呈点状或片状的白斑。毛发真菌感染可以导致脱发，头部形成瘢痕，毛根皮肤会出现发红或者小脓疱等。深部真菌感染是指真菌感染人体的深部组织和内脏，引起真菌性肺炎、肠炎、脑膜脑炎等，也可引起全身播散性感染，患者表现为发热、咳嗽、咳痰、腹痛、腹泻等症状，有时还会出现神经精神的症状。