自身免疫性肝炎的诊断指标当中有很多项目，因为自身免疫性肝炎的诊断比较复杂，要结合患者的临床症状和各项实验室检查进行评分诊断。主要的诊断要点，患者有肝脏损伤，包括转氨酶、转肽酶、碱性磷酸酶的升高，球蛋白的升高，特异性的抗体，包括抗核抗体、平滑肌抗体、肝肾微粒体抗体、抗线粒体抗体和可溶性肝抗原抗体。
除了抗体的阳性之外，还需要排除其他肝脏损伤的原因，还需要有肝脏穿刺病理学的诊断指标，需要有经验的医生结合各项指标才能做出诊断。