对于口腔炎可以使用促进愈合的药物，例如曲安西龙软膏、西地碘含片、溶菌酶片等。也可以使用重组人表皮生长因子凝胶或者外用溶液，或者可以选择使用中药类的药物，例如复方皮脂散、冰硼散、珠黄散、口腔炎喷雾剂、西瓜霜喷雾剂等。
同时可以使用漱口水保持口腔卫生，抑制口腔内的菌群发展，例如复方氯己定含漱液、浓替硝唑含漱液，或者可以选择呋喃西林溶液促进溃疡愈合。
溃疡较深者可以使用泼尼松龙混悬液或者地塞米松，必要时也可以选择激光和理疗的方法进行治疗。如果反复出现症状可以提高身体抵抗力，例如使用转移因子、左旋咪唑。