酒精与碘伏都具有杀菌、消毒的效果，但现阶段医疗上使用碘伏更多，由于酒精刺激性比较大，伤口使用后会有灼烧感而且酒精容易挥发，不易保存，挥发后的酒精浓度下降影响了消毒的效果，碘伏刺激性较小，引起皮肤疼痛的感觉轻微而且碘伏容易保存，消毒、杀菌的效果更佳。
当患者受伤后如果伤口面积较小，两者都可以使用，如果受伤面积较大，伤口使用酒精后会有强烈的灼烧感，不适用于创面较大的皮肤，建议使用碘伏。如果患者受伤部位被油脂类污染则用酒精消毒效果更显著，因为碘伏不含酒精成分，无法穿透油脂对伤口进行消毒，效果较差。