头疼要挂哪个科室就诊取决于不同的病因，应分清主、次及轻、重、缓、急，继发性头痛要挂原发病的科室就诊，一旦原发病好了，头痛会自然缓解，如感冒等呼吸道感染伴发烧时，由于炎性因子的刺激可以发生头疼，这时应该挂内科或发热门诊治疗感染性疾病。
高血压、心脏病或者冠心病患者服用扩张血管的药物引起头疼，应挂心内科。慢性的肝、肾功能不全患者，毒素在体内堆积造成的头痛应挂内科。严重的肺气肿、肺心病造成的缺氧性头痛，以及贫血继发的头痛都需要挂内科，头部外伤引起的头痛挂神经外科。
剩下的情况基本上就都要挂神经内科，如既往没有造成头痛的疾病的病史，而新发的头痛，进行性加重的头痛，伴有视物不清、抽搐、肢体麻木无力、言语不清或者恶心、呕吐、发热或者伴有神志不清，都需要挂神经内科就诊。