桥本甲状腺炎如果只有相应的抗体增高，而促甲状腺素和甲状腺激素都正常则不需要吃药，本病还没有针对病因的有效治疗措施，但是在抗体升高阶段要限制碘的摄入量，这样可以有助于阻止甲状腺自身免疫的破坏和进展。
已经出现了甲状腺功能减退或者亚临床甲减的时候，要给予左甲状腺素钠片进行替代治疗。如果甲状腺肿大迅速并出现局部的疼痛感、压迫症状时，要考虑服用激素进行治疗。
如果激素治疗不缓解，压迫症状仍然较重的患者要考虑进行手术治疗，但手术后发生甲减的几率会升高。