口腔扁平苔藓发病的因素非常复杂，所以用药根据发病的轻重有所不同。一般情况如果发病比较轻，没有什么症状，只要对患者的心理和生理进行调节，比如生活规律一点、多注意休息，可能会自愈。
有些比较重的情况，比如伴随有糜烂、疼痛，这种情况下要找到病因，比如有局部的刺激因素，口腔里面有不良修复体或者假牙，对病区有压迫和刺激，应该首先去除。
对于有糜烂、溃疡的表面的病灶，一般要局部使用消炎和镇痛的药，比如维生素A类的药物，还有局部使用激素类的药物进行控制。
还有一些患者和生理周期或者其他情绪有关系的时候，除了心理和生理的治疗以外，还可以适当的在饮食上面进行调节，比如少吃海鲜类的发物，辅助滋阴清热的中药来进行治疗。