胃部间质瘤大多需要进行手术治疗，由于胃部间质瘤是指胃液促细胞发生病变，形成了肿瘤，虽然大部分为良性，但也有恶化的可能。对于早期发现的胃部间质瘤，尽量进行手术治疗，而且尽量将肿瘤全部切除，以免其发生恶性病变。在术后要对切除部分进行病理分析，判断是否为良性。
对于胃部间质瘤的患者来说，在术后也有复发的可能性，要定期进行复查。对于已经恶化的胃部间质瘤患者来说，一般也需要手术将病变切除，如果已经发生转移，还要配合放疗、化疗、服用靶向药物等方式进行治疗。对于身体较差、年龄较大的患者，也可选用保守的方法进行治疗，如服用中药等。因为手术及放疗、化疗等治疗方式对身体的伤害较大，患者可能无法承受，而保守治疗反而会延长患者的生存期。