甲状腺三项包括促甲状腺素、甲状腺激素，甲状腺激素包括游离型甲状腺素和结合型甲状腺素，甲功五项除此之外还包括两个甲状腺自身抗体，即髓过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体。
两个抗体的意义主要是用来鉴别甲状腺疾病是否由自身免疫性甲状腺炎所导致，自身免疫性甲状腺炎常会有二个抗体的升高，有时只有二个抗体升高，而促甲状腺素和甲状腺激素的水平都是正常的，提示会有进一步发生甲减的风险，这时需要低碘饮食以防疾病的进一步发展。如果这时只是做甲功三项的检查不会发现抗体的异常，不能进行早期的干预。