做腘窝囊肿手术，一般患者采用硬膜外的麻醉或者全麻，体位可以侧卧也可以俯卧，选择手术切口，一般在腘窝囊肿表面做横正中的切口，两端向上还有向下楔形，形成一个S形切口，这样避免直切口造成瘢痕挛缩。
显露的过程中，应该在深浅筋膜之间进行显露，将皮瓣向两侧牵开以后，可见囊肿向外突出，沿着囊壁分离，尽量不要把囊壁弄破，一直到囊肿的蒂部，这个蒂一般是与关节囊相连的，要把蒂部还有囊肿完整的切除。
剥离一定要彻底，因为在做这个手术过程中膝关节尽量屈曲，这样腘绳肌还有腓肠肌是放松状态，有利于做囊肿的剥离，这个体位也有利于半膜肌还有腓肠肌内侧头之间囊肿的暴露，然后用手术刀将囊肿的根部剥离。
蒂部一定要接搭良好。如果接搭不好，可能会造成囊肿的复发。囊肿完整切除以后，就可以用生理盐水反复冲洗伤口，充分止血以后做逐层缝合。
注意这个部位一般要放引流，避免死腔的形成，然后新关节做加压包扎，定期换药就可以了。