灼口综合征的治疗首先要治疗口内病灶，如拔除残根、残冠，治疗龋齿、牙髓炎、根尖周炎和牙周治疗。对症治疗可以用人工唾液缓解口腔干燥症状，灼口综合征患者多数还伴有关节肌肉疼痛现象，这时可以采用非甾体抗炎药来止疼。
灼口综合征患者还可以服用中药制剂，如白芍总苷胶囊，对改善症状有一定的效果，也可以含服小剂量干扰素片，同时应用生物制剂，如肿瘤坏死因子抑制剂来清除B细胞，也对灼口综合征有治疗效果。灼口综合征多由于唾液腺功能障碍，导致唾液分泌量减少、成分改变，因此可以服用毛果芸香碱以促进唾液的分泌。同时患有灼口综合征的人要戒烟限酒，保持良好的口腔卫生。