肠镜会检查到肛门的，通常我们在做肠镜进镜之前首先要进行肛诊，通过肛诊来观察病人是否有外痔，指诊是否能触及到肿物，以及指套是否有血，然后在肠镜检查进镜及退镜的过程中，都会对肛门、肛周进行仔细观察。
观察在直肠肛管周围是否有内痔、外痔，是否有一些肿物、息肉，以及神经内分泌肿瘤等这些情况出现，必要时我们甚至可以进行退镜时候的倒镜，以进一步观察肛门、肛管周边的病变。
所以，在肠镜检查过程中一定会观察到肛门，而且如果肛门有异常的时候，我们会进行正镜和倒镜仔细的观察。