口腔溃疡和手足口病的病因不同，口腔溃疡是由于进食辛辣、刺激食物，营养不均衡、维生素缺乏和作息不规律所导致，而手足口病是由病毒感染引起。溃疡跟手足口的临床症状也不一样，口腔溃疡主要是口内黏膜红肿、糜烂，可单发，也可以多发，全身症状不明显。
手足口病在口腔内的表现是口腔内先出现水疱，水疱破溃后会留下红肿、充血的糜烂面，同时在手掌、脚掌中心也会有水疱出现，患儿多伴有全身的症状，比如低热、烦躁不安。此外，发病人群也不同，溃疡在儿童和成人均可发作，成人溃疡的发病几率还要高一些，而手足口病多生在学龄前的儿童。