手指骨髓炎患者先要进行足量、足疗程的敏感抗生素治疗。在手指骨髓炎处，如果有脓液渗出，先要做细菌培养，还要进行药敏试验。通过药敏试验可以筛选出敏感的抗生素，可以进行敏感抗生素的全身性静脉用药。
如果骨髓炎患者的窦道流脓，久经不愈，可以进行手术治疗。手术时要将指骨上病灶彻底清除，将里面的炎性肉芽组织和脓液彻底挖除，同时要进行彻底冲洗，然后进行局部的软组织覆盖。如果患者的软组织缺损较大，可以进行邻近皮瓣转位，以修复创面。