肘关节囊肿治疗上首先采用保守治疗，可以使用局部涂抹消炎去痛的软膏，如扶他林软膏，涂抹后轻柔的按摩，有利于消炎去痛，缓解症状。
还可以服用塞来昔布胶囊、美洛昔康片、安康信片、双氯芬酸钠片、汉防己甲素片，这些非甾体类消炎药可以较好的消除局部的无菌性炎症，起到缓解症状的效果。
然后还要改善不良的生活习惯，尽量减少肘部的附力运动或者手部的劳作，减少经常肘部靠在比较硬的桌面上，这些活动都会引起滑囊的磨擦，滑囊的增生引起囊肿的增大。
最后可以选择手术治疗，将囊肿切除也是一种彻底的治疗手段。