当大拇指关节囊肿较小的时候，往往没有特殊的症状不会产生疼痛，仅仅表现为局部的小包块，包块可以活动，触之比较软。当囊肿逐渐增大会引起局部的软组织压迫，可以表现为关节疼痛。
如果关节囊肿较大，也会引起关节活动障碍，因为在关节活动的时候囊肿会受到挤压，从而阻碍关节的活动使活动度下降。另外，要是囊肿压迫到手指血管或者指神经，会引起手指的麻木，这是由于囊肿过大对周围组织和神经产生压迫而引起的。