脚背腱鞘囊肿若较小，通常可以采用局部热敷、按摩等方法，使囊肿逐渐减小、消失。如果脚背腱鞘囊肿较大，通常可考虑进行手术治疗，进行囊肿切除手术。
手术多沿着囊壁分离囊肿，在囊肿的蒂部将囊肿离断，切除囊肿时要确保切除所有的囊壁组织，同时要在基底部进行缝合、修补，如此可以彻底避免囊肿复发，术后还可以进行手术切口的换药。此外，患者要穿宽松的鞋子，避免手术切口受到摩擦刺激，从而避免引起愈合不良。