毕Ⅰ式和毕Ⅱ式胃大部分切除术的优缺点不同，具体如下：
一、毕Ⅰ式胃大部分切除术是将远端胃大部分切除以后，将残胃与十二指肠吻合。其优点是吻合后的胃肠道，接近于正常解剖生理状态，食物经吻合口进入十二指肠，减少胆汁、胰液反流入肠胃。术后因胃肠功能紊乱，而引起的并发症比较少。对于十二指肠溃疡较大、炎症水肿较重、瘢痕粘连较多的患者，残胃与十二指肠吻合有一定的张力，此时行毕Ⅰ式手术就比较困难，容易导致胃切除范围的不够，增加术后溃疡复发的几率。
二、毕Ⅱ式胃大部分切除术是切除远端胃以后，缝合关闭十二指肠残端，残胃和上段空肠端侧吻合。其优点是即使胃切除比较多，胃空肠吻合也不至于张力过大，术后复发溃疡的几率比较小。十二指肠溃疡切除困难时允许行溃疡旷置，但这种吻合方式，改变了正常的解剖生理关系，胆胰液流经胃空肠吻合口，术后发生并发症和后遗症较毕Ⅰ式多。