胶原酶溶解术的危害性主要是患者在治疗期间会发生症状的加重，产生剧烈的疼痛。产生的原因具体如下：
一、是由于胶原纤维的胶原酶作用下出现溶解、降解，可能会导致间盘内容物的增加，椎间隙的压力增高会引起椎管内的窦椎神经受到激惹，也会出现疼痛。
二、是由于溶解的髓核组织溢出，增加对神经根或者是硬膜的刺激征状，而使疼痛加重。疼痛持续较长的原因主要还是椎间盘中最大的无血供组织，其代谢物质完全依赖终板的渗透和纤维化的弥散，代谢速度较慢，注药后基本会表现为无痛。但随着溶解物的增加，疼痛反而会逐渐的加重，甚至达到高峰，所以临床上溶解酶的手术方式已经基本被淘汰。