部分病人喝完益生菌后会出现拉肚子的情况，可能与赫氏消亡反应有关。
这是指一些肠道菌群失衡或严重失调的病人，在服用益生菌的过程中，尤其是刚刚开始补充益生菌前1-4周，会出现症状加重的假象，如便秘、腹泻、腹痛、胀气等较原来加重，这是益生菌与有害菌斗争的结果，医学上把这种现象叫做赫氏消亡反应。
当初始使用益生菌的时候有害菌死亡，会释放大量的毒素和其它代谢产物，益生菌也会释放大量的细菌而消灭有害菌，双方死亡数量很大，过一段时间坚持服用益生菌，益生菌才会逐渐占领上风，所以人们在最初服用益生菌1-4周时反而会出现原来的症状加重，持续服用益生菌4-8周之后症状就会逐步改善。
因此，服用益生菌时最好坚持到12周，才会使益生菌所带来的正面效果逐步体现出来。