鱼肝油的副作用当中会有拉肚子，主要是由于食用的量比较大，体内含有脂类的物质吸收得比较差，而最终引起的胃肠道消化不良。鱼肝油服用要注意量的控制，不能因为是食物就大量服用，这样欲速则不达，反倒对身体会造成伤害。
除了补用鱼肝油之外，因为里面含有维生素A、维生素D、DHA和微量元素，如果应用来治疗骨质疏松，还要进行钙质的补充。钙质有第一代类的无机盐类钙，包括碳酸钙片，磷酸钙、钙尔奇D等，还有第二代类钙片，包括有机酸类钙，柠檬酸钙，乳酸钙等。第二代的钙相对副作用更小些，人群适应更广，所以两种药物共同服用效果可能会更好。