阿米巴痢疾和细菌性痢疾这两种疾病都属于痢疾的种类，但是它们有区别：
首先细菌性痢疾和阿米巴痢疾的病原体不一样，引起细菌性痢疾的病原体是痢疾杆菌，属于志贺氏菌；而痢疾杆菌属于革兰氏阴性的短杆菌，所以两者在治病原因不同。
其次临床表现也有不同，细菌性痢疾是以结肠的化脓性溃疡性炎症为基本病理改变，临床多以发热、腹痛、脓血便和腹部压痛为主要特征；
细菌性痢疾是一种传染病，在被感染之后潜伏期是数小时到七天，这个疾病的传染源是患者以及带菌者，病菌会从大便排出，通过污染的水和食物，经过粪口感染给其他的健康人，全年都可以发病，以夏季和秋季最为多见。
最后阿米巴痢疾这个疾病主要发生在盲肠和升结肠，临床表现是以腹痛、腹泻，大便呈暗红色、果酱为主，疾病有复发的倾向，非常容易合并有肝脓肿、肠出血和阑尾炎等并发症。
阿米巴痢疾传染源主要是慢性阿米巴的患者，因此在平时通过大便培养和细菌检测，可以对两者进行鉴别，在日常生活中还是要勤洗手，不能吃被污染的食物。