先天性心脏病的风险，主要是与患者的先心病的类型，以及每一种疾病的严重程度有关。如果是左向右分流的先天性心脏病，以房间隔缺损，动脉导管未闭和室间隔缺损这一类的心脏病，主要是存在着左向右的分流，但是对于其中的房间隔缺损，对患儿的影响是最小的。因为两个心房之间的压力相对较小，如果要是房间隔的缺损不大，有的人医生都不需要手术，也不会带来心功能的影响，但如果房间隔缺损大、分流量大，时间久之后也会带着肺动脉压力的增高。
室间隔缺损如果缺损相对较大的情况，应该及早手术，如果不及早手术很容易出现先是动力型的肺动脉高压，之后变成阻塞型的肺动脉高压，而影响到患者的生存。右向左分流的先天性心脏病，比如法洛四联症，它主要是由于主动脉的歧化而出现静脉血流到动脉出现紫绀，与它歧化的程度、室间隔缺损的大小以及肺动脉缩窄的程度都有关系。通常法洛四联症如果不及早手术，患者很难活过20岁。还有一些复杂的畸形，包括主动脉缩窄和肺动脉的狭窄，也会影响到患者的生存。