骨化性肌炎是一种良性病变，有自限性，有的病例未经治疗病灶可以自行消失或完全骨化。早期不建议进行手术治疗，活检会增加创伤，不利于肿物成熟，一般在1-2年后等致密性的骨化边界清楚，骨化成熟后进行手术切除。
手术切除后可以恢复关节的正常活动度。骨化性肌炎的恶变非常少，可以见于脊髓损伤，会发生骨化性肌炎，人工关节置换术后也有可能发生骨化性肌炎。因此治疗之后也需要积极进行康复锻炼、复查等，避免引发意外。