凌晨1-3点有咳嗽主要考虑是由于呼吸系统的感染性疾病引起，急慢性支气管炎是引起的最常见原因，如果平时没有咳嗽、咳痰的症状，只是在凌晨1-3点出现还需要考虑是由于咳嗽变异性哮喘引起，在夜间会突然发作，需要去医院做血常规检查、拍胸片，也需要做支气管激发试验和舒张试验，需要用扩张支气管药物来积极治疗。室内空气比较干燥或者有呼吸睡眠暂停综合征也可能会引起，需要去医院做相应检查来查找引起的原因，在睡眠的时候睡眠姿势不正确或者有慢性鼻炎、鼻塞也会影响到睡眠，会影响到呼吸引起咳嗽的症状。