对于牙菌斑的处理，日常在家可以采用刷牙，使用牙线、牙间隙和冲牙器等方式清除牙菌斑，但是普通日常清洁很难完全将牙菌斑祛除干净，需要定期去医院通过超声洁治和龈下刮治的方法将牙菌斑彻底清除。牙菌斑是导致牙龈炎和牙周炎的始动因子，因此清除牙菌斑对维护牙龈健康非常重要。
日常刷牙和用牙线剔牙等方法只能将牙面或者牙龈下浅层的牙菌斑清除掉，而牙邻间隙和牙周袋内深层的牙菌斑是需要定期去医院采用超声洁治的方法才能清除掉。超声洁治就是用高频超声震荡，将牙面、牙邻间隙和牙周袋内的菌斑和牙石清除干净。对于中度和重度的牙周炎，通常还需要用龈下牙周刮治的办法祛除菌斑。另外，还可以采用具有抗菌消炎功能的漱口水，如氯己定和替硝唑漱口水漱口来消除菌斑。