内生性软骨瘤如果局部没有明显症状，并不需要特殊处理，只要通知病人在局部出现疼痛明显，或者是局部肿瘤迅猛发展的时候就诊就可以。
如果是肿瘤发展并伴有明显的疼痛，可以进行肿瘤的切除手术。可以先进行局部病灶刮除手术，也就是将内生性软骨瘤的附着的内壁彻底刮除并摘除关节软骨，同时用95%的乙醇彻底灭活，病灶内在应用自体骨植骨填充。如果内生性软骨瘤病理检查有恶病，就要采用肿瘤的广泛切除的方法来治愈。