大三阳和小三阳的指标当中，区别主要是在乙肝五项中E抗原和E抗体系统的差别，乙肝大三阳是乙肝表面抗原、核心抗体和E抗原阳性，乙肝小三阳是表面抗原、核心抗体和E抗体阳性，大三阳是乙肝病毒定量比较高，病毒复制比较活跃的情况。
小三阳一般病毒得到一定的控制，病毒量比较低，但是无论是大三阳，还是小三阳，都不能判断病情的轻重，乙肝病情的轻重要结合肝功、超声等其它的指标进行判断，不能单纯从大三阳和小三阳，来判断乙肝比较重，还是比较轻。