小儿肠炎起病急，常常伴有发热和上呼吸道感染的症状，无明显感染、中毒症状。起病初1-2日常发生呕吐，每日可2-3次，甚至10多次，量多少不等。随后就会出现腹泻，每日5-6次，甚至10-20次，便量较多，水分多，呈黄色水样或者蛋花样便，带有少量黏液，没有腥臭味。频繁呕吐和腹泻的患儿很快会出现脱水、电解质紊乱、酸中毒的症状，出现精神萎靡、眼窝凹陷、皮肤弹性差、口唇黏膜干燥、尿量少、面色发灰及呼吸深长等症状。
本病为自限性疾病，经过适合的治疗，数日后呕吐渐停、腹泻减轻，不喂乳类的患儿恢复更快，自然病程约为3-8天，少数较差。本病还可以出现神经系统症状，比如惊厥等。约有一半的患儿血清心肌酶谱异常，提示心肌受累。大便镜检偶有少量白细胞，感染后1-3天即有大量病毒自大便中排出，最长可达六天。