肠炎不治疗的直接危害是排便异常，包括排便次数的增多、粪质变烂，排便前或者排便后出现腹痛不适等症状，从而影响生活质量。由于长期排脓血便，会造成贫血以及营养不良，对于全肠道都出现溃疡的病人，还会造成维生素吸收不良，而出现维生素缺乏的情况。
如果没有及时治疗或者控制病情的发展，就会进一步出现肠腔变窄，产生炎症性息肉，病程较长、病变范围较广、病情较重的病人还有可能出现癌变的情况。对于重症溃疡性肠炎病人，在急性发作期可能由于大出血、肠穿孔、中毒性巨结肠等严重的并发症而危及生命。