病理活检的收费项目是由各个省份的卫健委、医保局，以及财政局等多个部门协商后决定。同样的项目，每个省份收费都不一样。总的来说，浙江省收费最低，而广州、新疆等地区收费较高，国外的收费就更高。
一般的肠黏膜活检标本在浙江省收费是83元，但是在新疆收费是130元。如果是胃黏膜活检，还需要加上特殊染色的费用。浙江省特殊染色每项收费52元，新疆每项收费是80元。
如果活检的病例，还怀疑肿瘤，要继续做免疫组化确诊。在浙江省每项免疫组化费用是100元，在新疆是170元。不同的疾病需要的项目也不一样，怀疑癌症的一般做4-5项免疫组化就够。
而特别疑难的淋巴瘤的确诊，需要十几项甚至是二十几项免疫组化。因此病理活检的费用，如果是良性，低至83元。如果是恶性，为了明确诊断，可能需要两、三千元。