对于腓骨肌萎缩症，目前没有特别有效的治疗手段，目前的主要治疗方法还是对症治疗，或者支持治疗。对于出现畸形的患者，可以采用矫形器的方法，比如畸形足可以穿矫形鞋，指导患者进行康复训练，也可以改善患者的生活质量。
在康复治疗中，腓骨肌萎缩症以改善行走能力和生活质量为目标，包括力量训练，还有拉伸训练，维持肌肉力量，防止肌肉萎缩，以及应用适当的一些仪器或者矫形器来鼓励患者活动，并提高安全系数。同时要嘱咐患者控制体重，避免肥胖增加运动的负荷，增加关节或者肌肉负担。康复锻炼是治疗的重要环节，包括耐力训练，还有力量训练。维持肌肉力量，提高有氧的运动能力，改进体能，保持运动幅度，避免关节挛缩。对于畸形比较严重的患者，也可以采用外科的矫形手术。