胸椎管狭窄手术在术中有可能会损伤到脊神经根，引起局部神经根支配区域的麻木，下肢功能障碍，在术中椎板的静脉丛有可能会破裂出血。当椎管内大量出血，血肿就会压迫脊髓，引起脊髓受压的症状，严重的时候会引起瘫痪。
术中若无菌原则掌握不够可能会引起局部污染，引起脑脊液污染、椎管内污染，引起椎间隙的感染，会引起化脓性脑膜炎，切口感染。如果术中减压过多，切除过多的椎板可能会引起脊柱的不稳定。