骨纤维结构不良大多数可以采用保守治疗，因为骨纤维结构不良是一种良性病变，在没有明显症状引起明显症状或者是没有引起病变，没有急性发展的情况下，就是通过对症治疗，通过局部的热敷理疗或者使用消炎、去痛的药物，如非甾体类消炎药等对症治疗，消除疼痛而缓解症状。
要是骨纤维结构不良病变区域较大或者短期内进展较快，或者发生病理性的骨折就要手术治疗，将骨纤维结构不良区域彻底清除，并植骨内固定。