鱼肝油的副作用主要是使用过量之后，会造成体内的代谢产物堆积，产生肝脏的毒副作用。鱼肝油含有丰富的维生素A和D，两者是脂溶性的维生素，当使用过量的时候，容易堆积到肝脏内，产生肝脏毒性，造成肝脏损害。
在服用的时候一定要按照剂量严格使用，切忌当作食物来服用，因为它毕竟是药物。在鱼肝油服用的同时，一定要注意补充钙质，这样才能够有效的补钙，来治疗佝偻病或者低钙血症。临床常用的有乳酸钙或者碳酸钙，婴幼儿应用的乳酸钙比较多，这样更容易吸收，但是要口服的时候注意剂量，同时多晒太阳，最终能够使钙剂得到充分的吸收。