大三阳和小三阳的指标当中，不同之处在于乙肝五项中的E抗原和E抗体，大三阳是E抗原阳性，小三阳是E抗体阳性。大三阳的病人病毒量比较高，处于乙肝病毒携带状态，或者乙肝病毒感染，需要抗病毒治疗的阶段。
小三阳一般病毒量稍低，可能需要抗病毒治疗，或者是病毒已经得到了一定的免疫控制，但是往往有很多小三阳在免疫控制的过程当中，因为慢性肝损伤已经逐渐出现肝硬化的倾向，还有一部分小三阳是因为出现基因突变，病毒量会比较高。