肛门指诊是肛肠科常见的检查方法。肛门指诊时一般采取侧卧位、胸膝位或者截石位，指诊时医生食指戴涂润滑剂的指套，首先从肛周皮肤开始，注意肛周皮肤有无硬结、肿物、有无触痛和波动感，如果在肛周皮下摸到条索状硬条，应触知其走向及深度，结合肛周皮肤有无破溃口、间断愈合，以及反复破溃发作史，应该首先考虑肛瘘疾患。
手指插入肛管后，应注意肛管皮肤和黏膜有无硬结、肛门括约肌松弛和紧张、肛管直肠环的弹性和有无瘢痕变硬。经过肛管直肠环进入直肠壶腹，手指在直肠内做环形向上、向下的检查，此时注意黏膜是否光滑、有无肿物、狭窄和直肠外肿块等。指诊在直肠前方，可以触到尿道球部，男性可以触及前列腺，女性可以触及子宫颈，两侧有坐骨直肠窝，后方是直肠后间隙，还有骶骨和尾骨。