骨化性肌炎的不同阶段治疗方法不一样，在早中期，也就是活跃期的时候，可以进行肘关节的按摩、热敷，同时嘱患者积极进行肘关节功能的训练，主要以主动活动为主，被动活动为辅，要防止关节的功能受限，防止关节的僵硬。
在晚期，也就是骨化期的时候，通过保守治疗没有效果，要进行手术治疗。要将骨化组织彻底切除，还要进行关节松解手术，要将粘连带彻底松解，术后经过三周制动再进行关节主动活动，以避免发生再次粘连。