膝关节囊肿就是腘窝囊肿，以往都是采用开放性手术。就是要让病人俯卧位趴在手术台上，在膝关节的后方做斜行切口或者是L形切口，逐渐分离血管、神经，将神经、血管神经束拉开，暴露囊肿，然后贴着囊壁进行分离，一直到基底部，将囊肿切除，然后在囊肿的基底部要进行缝合，以避免囊肿的复发。
现在大多数医生会采取微创手术，使用关节镜技术，在关节镜下就可以进行囊肿切除，通过在膝关节的前方做两个0.6cm左右的切口，将镜头直接深入到后内侧间隙，那么然后再进行囊肿内引流，切除囊肿手术，术后恢复的也很快，第二天就可以下来走路了。